三格式无害化卫生厕所投资小、占地少，效果较好，特别是在春夏季节，几乎没有臭味，苍蝇、蚊子明显减少。随着我省中央补助地方改厕项目的连续实施，农村三格式无害化卫生厕所数量越来越多，如果建设及使用管理得当，能够取得很好的改厕效果。
使用管理主要注意几个方面。
一是要准备配套的使用物品，包括洁净的卫生纸、便纸篓、便池刷。没有自来水的地方，还要准备好水桶、水勺等。如果使用的是易溶卫生纸，可以直接冲入粪池。非易溶的便纸要收入纸篓，定期清理焚烧或填埋，否则直接冲入可能堵塞管道，或使粪渣产生过快。
二是便后冲水用水量以冲走大便达到便池水封为宜。用自来水冲更要注意节水，应选用快闭阀门。使用便池刷可减少冲水量。三格化粪池无害化的效果与进入粪池的水量有很大的关系，每人每天设计冲水量不多于9升。因此，要避免一次性用大量的水冲化粪池。洗澡水、洗衣洗地水都不得排入化粪池。
三是不要直接使用第一、二池粪便，要坚持使用无害化的第三池粪液。如有新鲜粪便要倒入第一池，禁止倒入第三池。否则会污染已经无害化的第三池粪水。
四是要及时盖好活动盖，防止蚊、蝇飞入孳生。
五是要注意约半年至1年清理第一、二池粪皮粪渣。当第三池出现粪皮时第一池就一定要进行清渣。由于三格式厕所总是会产生粪渣的，所以不能把化粪池特别是清渣口埋入水泥地面之下。粪渣如不及时清除就有可能堵塞过粪管，降低无害化的效果。
清出的粪皮、渣需无害化处理。可用加尿素法处理。粪渣与尿素按100：1或2混合，存放2天或1天后可使用，加水稀释才能浇地使用。
六是第三池粪液即使不需要，也不能直接排放入周围土壤、江河、湖塘，应统一排放，并防止排水沟中的水倒灌。农村如需排放可以通过密封管道排放到远离饮用水源的荒地土壤或人工湿地，荒地或湿地应有植物自然净化粪水。
七是要经常查看第三池，以防粪水溢出。