一、产生纠纷原因
1.因资质问题而产生的纠纷：根据《建筑法》和建设部《建筑企业资质管理规定》等关于建筑施工企业从业资格的规定，从事建筑活动的建筑施工企业应具备相应的资质，在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。禁止建筑施工企业超越本企业的资质等级许可的业务范围承揽工程。禁止施工企业向无质资或不具备相应质资的企业分包工程。
2.因履约范围不清而产生的纠纷：在施工实践中，总包单位与分包商之间因履约范围不清而发生纠纷的现象屡见不鲜。例如：一个分包合同中约定，由总包单位提供垂直运输设备，但在具体施工时，总包单位只提供汽车吊而不提供塔吊。尤其是在基坑开挖过程中，垂直运输设备对工期的影响巨大，如果不利用塔吊，分包商很有可能无法完成工期目标，但汽车吊也属于垂直运输设备，因此，很难认定总包单位违约。造成履约范围不清的主要原因是分包合同条款内容不规范、不具体。分包合同订立的质量完全取决于承包人和分包商的合同水平和法律意识。若承包人、分包商的合同水平和法律意识都比较低或差异大时，则订出的合同内容不全，权利义务不均衡。所有这些都在以后施工过程中产生的纠纷埋下伏笔。因此，在订立分包合同时，应严格按照《分包合同示范文本》的条款进行订立。
3.因转包而产生的纠纷：转包是指承包单位承包建设工程，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。建设工程转包被法律所禁止。《合同法》272条，《建筑法》28条，《建设工程质量管理条例》25条都规定禁止转包工程。施工企业在转包工程中的收益如何处理?如果案件没有诉讼到法院，或者国家建设行政管理部门也没有发现违法转包问题，施工企业违法转包的收益可能留在企业，一旦产生争议起诉到法院，法院将依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》4条，《民法通则》134条规定收缴当事人所取得的非法所得。