紫檀中的一部分黑斑是在生长过程中形成的，但还一部分黑斑是因为保养存放不当而形成的：紫檀在长期经历风吹日晒开裂后，空气与水分进入裂缝中导致木材腐烂而变黑，腐烂的部位与周边完好的部分会产生明显色差，这种大面积分布的黑色部位被人们称为黑斑，若线状分布的则被称为黑筋。这种情况常见于拆房料、马车料等，这些料在经历了长期氧化、阴干后，木性更加稳定，水分减少，油性突出，由于局部料质密度不同或有干裂导致空气和水分进入材，形成黑斑，在切开、打磨后，紫檀内部的橘黄色与黑斑形成鲜明对比，于是就形成了人们常说的火焰纹。