需要了解的的是你是否在原建筑上扩大了，如果没有扩大，你就坚持说维修房屋，千万不能说是重建！！！那样他是没有办法让呢拆的，你是因房屋损坏维修，这是合法的。
但是如果你扩大了原建筑面积，那很遗憾告诉你：你确实属于违章建筑。按照法律是要强制拆除。
这也是你没有法律意识、不能保护自己的后果。
我觉得你如果所建房屋符合相关规定，仅仅是程序上没有办理的话，就接受罚款，赶紧想办法补办土地使用证、建房许可证，让该房产变成合法的。
要是你所建房屋不符合相关规定，政府不同意补办你的手续的话，就很难办了。那样的话，我建议你走关系了，这是中国社会现状啊，祝你好运。
最坏的打算：拆除。那样的话你也有些理可讲：那些政府部门在你动工的时候怎么没来制止呢？！现在既成事实了，过来了，他们也有失于监督的责任。造成个人财产的损失，他们也有一定的责任，这个虽然有些牵强，但没办法的办法了，你自考虑怎么办吧。