公司申请公租房的流程如下:1、公租房供应实行申请、审核、公示、登记和轮候制度。申请非定向配租公租房,有工作单位的个人,由单位统一报所在地的区住房保障部门审核:无工作单位的个人,向户籍所在地的居委会统一报区住房保障部门审核。2、审核符合规定条件的,由区住房保障部门公示7日。无异议的作为公租房保障对象报市住房保障部门审批。对审批合格的予以登记并发放公租房保障资格证明。3、对取得公租房保障资格的对象按住房困难程度、收入高低、申请顺序等因素排列轮候顺序。轮候到位的申请人凭资格证明与公租房产权或管理单位及所在地的区住房保障部门签订三方租赁合同。