依照排水系统，马桶的冲水方式分为冲落式、虹吸式。冲落式是依靠有效水量以最快速度、最大流量，封盖污物并排出。此功能还得取决于自家的楼层管道设计，如果没有设置水封，选择冲落式马桶则不容易防臭。虹吸是指在大气压的情况下，迅速形成液体高度差，使液体从受压力大的高水位流向压力小的低水位，并充满污管边产生虹吸现象，直到液体全部排出冲入空气中。虹吸形成越早，作用形成越迅速，有效水量流失的就越少，虹吸作用持续的时间越长排污功能越好，就越节水。
依照水箱与底座的连接方式，可分为连体、分体两种，连体式是水箱与底座相连，其造型美观，而且坚固，适合较小的卫生间。分体式是水箱与底座分开，其体积较大（占有的空间大），且不容易靠墙，安装不妥当，容易导致漏水。
依照排水方式，马桶又分为横排（墙排）式和底排（下排）式。此类排水方式的选择要根据自家水管接口情况而定。
至于性价比只有选一个价格区间才好比较，毕竟牌子不一样、档次不一样，价格也就不一样了。
个人认为虹吸式的马桶比直冲式的好，因为虹吸式的节水、冲洗压力大，可以阻止臭气回流，一般不会堵塞马桶。这些都是直冲式马桶无法做到的。