1、在容器选择上首先要注意选用不透水的容器，根据养植水生植物品种选择基质，基质由黏土、沙砾、积肥等配制而成。主要有挺水植物、湿地植物、漂浮植物、沉叶植物等。
2、在塑胶盆筐等栽植容器内垫上防止基质漏掉的网或无纺布种好后再铺一层石砾，防止水把基质冲走和水生动物的侵害，最后依据植物种类加水调整水面高度，容器太深可用砖块等垫高种植盆筐。另外要注意保持水生花卉光照充足，否则会造成花卉生长不良甚至不会开花。
3、花盆中的水蒸发后没有得到及时补充就会造成泥土龟裂。有些水生花卉，如：荷花、睡莲的新芽干枯，根茎失水，从而造成损失。在室内存放的水生花卉需要定期补水，以使花盆中的水保持一定的高度。
4、冬季在冷室放置的水生花卉由于房屋漏风有时也会受到冻寒。香蒲、水葱这些耐寒者不怕，不耐寒者却受不了。在寒流侵袭前提早做好准备，遇到冷室里面结冰的现象，可以想办法提高温度措施，以防冻害发生。
5、保存盆栽水生花卉的室内温度若很高，容易促使水生花卉萌动新芽。新芽在分株时容易被碰坏。出现这种情况，应及时打窗开门进行降温处理。
6、在分株前如果没有特殊的需要，应避免给盆栽水生花卉翻盆。否则，水生花卉的根系受到破坏，病菌侵染的可能性大大增加，容易造成烂株。为了使盆栽水生花卉在分株时健康在分株前禁止翻盆。