首先，贷款期限不同。公积金贷款期限比商业贷款长；其次范围不同。与公积金贷款相比，商业银行发放的住房抵押贷款对象是具有完全民事行为能力的自然人，即不限于住房公积金的交存人和离退休职工，贷款对象范围大。再次，贷款利率不同。公积金贷款，最新的住房公积金贷款利率（5年以上）为4.59%，而同期商业贷款利率为6.84%，个人购买第一套住房的贷款利率可以在6.84％的基础上下浮15％，目前优惠利率为5.814％，而购买第二套以上住房的个人执行基准贷款利率，手续将更加严格，此外，手续办理不同。商业贷款手续比较简单，放贷时间短。在借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料即可办理，许多银行承诺：借款人资料齐全，3个工作日内即可放款。而公积金贷款，自受理申请之日起，15日内才能作出准予贷款或不予贷款的决定。公积金贷款比商业贷款多一个评估费，是因为住房公积金贷款和商业贷款的评估方式不同，申请住房公积金贷款时，需要到评估事务所做评估，评估费最低收费为300元。购买40万元的住房，按5‰的评估费率计算，该项评估费为2000元。而且，公积金贷款还要交担保费。